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Das Land war 1794 von den französischen Revolutionstruppen besetzt worden. Die Bergkapelle entging nicht der Aufmerksamkeit der Behörden. Die Franzosen betrachteten die Kirchengüter als Nationaleigentum. Die Kommissare der Bergkapelle machten vergebens geltend, dass die Kapelle Eigentum der Nachbarn sei. Die feindselige Einstellung der Regierung gegen alles Religiöse machte sich auch in Eupen bemerkbar, vermochte aber gegen die Glaubenstreue der Bevölkerung nur wenig auszurichten. 1797 wurde der Gebrauch der Bergkapelle von den Behörden verboten, bald aber wieder freigegeben, da Unruhen wegen der Anhänglichkeit der Eupener an ihrer Religion befürchtet wurden. Die angeordnete Entfernung der Kreuze von Häusern und öffentlichen Straßen unterblieb. Das Verbot der Gottesdienste in Berg und Werthkapelle dauerte nur kurze Zeit. Gleich der Kapuzinerkirche wurde die Bergkapelle 1803 als Hilfskapelle anerkannt. 1806 trat in Frankreich und in den besetzten Gebieten wieder die christliche Zeitrechnung in Kraft. Die Verehrung für Napoleon beweist die Feier seines Geburtstags am 15. August 1806. Ein Festzug bewegte sich zum Hochamt nach St. Nikolaus. In der Nachmittagsprozession hielt ein Vikar an der Bergkapelle die Predigt, der die Verdienste des Herrschers um die Wiederherstellung der Religion begeistert hervorhob.
Bergkapelle in Kriegszeiten - 1806 wurde die Emporbühne bedeutend vergrößert. 1812, zum 100-jährigen Jubiläum, wurde eine neue Decke in gewölbtem Fachwerk hergestellt. Die Kapelle wird 1841 so beschrieben: 87 Fuß lang, 24,5 Fuß breit, 27 Fuß hoch (die Mauern 2,5 Fuß breit), zwei Eingangstüren; angebaut ist ebenfalls ein Spritzenhaus, das 1875 beseitigt wurde. Eine Orgel wurde 1850 angeschafft. Nach der Fertigstellung der Haaskirche, der »neuen Kirche unter der Haas«, zwischen 1867 und 1882, wurde der Bergkapelle eine würdigere Ausstattung zuteil. Michael Heinen, Pfarrer an St. Josef von 1922 bis 1956, gestaltete das Innere der Bergkapelle schließlich hell, einfach und einheitlich.
Während des Ersten Weltkriegs wurden Eupener Kirchen kurzfristig zu Gefangenenlagern. Ein Augenzeuge berichtet: »Es waren Soldaten verschiedener Waffengattungen. Vor dem Rathaus wurde haltgemacht, und die zahlreichen Gefangenen wurden in verschiedenen Gruppen eingeteilt und für die Nacht in den Kirchen der Stadt untergebracht. Hier blieben sie bis zum anderen frühen Morgen. Mir gelang es, Zutritt in der Bergkapelle zu erhalten. Gar traurig sah das Bild aus. Die armen, müden Gefangenen hockten in den Bänken. Mitleidige Anwohner der Bergkapelle brachten ihnen Brot und Kaffee. Sie hatten nur einen Wunsch, nämlich zu schlafen. Die Gefangenen schliefen sitzend in den Holzbänken; ihre Wächter dagegen ruhten ausgestreckt auf dem Steinboden zwischen ihnen. Außer in der Bergkapelle waren die Gefangenen - im Ganzen waren es rund 4000 - in den beiden Pfarrkirchen, in der Klosterkirche, in der evangelischen Kirche, in der Werthkapelle und auf dem Heidberg untergebracht. Anderntags begann der Abtransport mit der Bahn. Die Kapuzinerkirche wurde als letzte geräumt«.
Zur Zeit der Rundstedtoffensive am zweiten Weihnachtstag 1944, gegen 15.20 Uhr, während der Vesper zum 40-stündigen Gebet in St. Josef, warf ein deutsches Flugzeug auf die von Amerikanern besetzte Stadt mehrere Bomben ab, davon eine auf das Gelände der ehemaligen Tuchfabrik Leonard Peters, unweit der Pfarrkirche, die andere auf die Straßenkreuzung Judenstraße-Bergkapellstraße-Haasstraße (siehe Bild hierüber). Hier gab es einige Verwundete.
Durch den Luftdruck wurde die Kapelle stark in Mitleidenschaft gezogen, u.a. wurden alle Kirchenfenster zerstört. Die schöne Kreuzgruppe an der äußeren Chorwand ist ein Werk des Aachener Bildhauers Venth. Errichtet wurde sie zwischen 1884 und 1886. Am Postament steht die lateinische Inschrift: Gehst du vorüber, so ehre gebeugt des Gekreuzigten Bildnis. Nicht indessen das Bild, vielmehr den Gekreuzigten bet’ an.